后殿為慈云殿，與大雄寶殿建筑相仿。面闊五間，進深三間，回廊周匝。建筑平總面闊16.2米，總進深10.2米，占地面積165.24平方米。正間大門上方懸掛黑漆木匾額，陰刻“慈云殿”3個隸書金漆大字。殿內供奉觀音菩薩金漆佛像及金童玉女像。慈云殿左上方為能仁寺后山門，可通往山頂公園，右方為茗靜苑，后方緊靠綠樹叢生的山坡，前方為開闊的地坪，慈云殿占地面積540平方米。殿前地坪邊緣石欄桿下為石砌擋土坡墻。墻下有一泉眼，名為“甘露”。泉水不斷涌出，漫出泉臺地面。